Die Towenaar van Amsterdam vertel die verhaal van Jan Floris, ’n weeshuisseun in sewentiende-eeuse Amsterdam. Wanneer die burgemeester hom in die huis van die geleerde kunshandelaar Simonis de Vleet plaas, glo die naïewe Jan dat sy nuwe meester ’n towenaar is. Wat begin as ’n droom om matroos te word, verander vinnig wanneer Jan die towenaar se leerjonge word en ’n wêreld van geheime en ontdekking betree.